Δεδομένου αυτού του προσανατολισμού του κράτους του Πακιστάν, ως ενός ιδεολογικού κράτους, οι διάφορες ισλαμιστικές πολιτικές ομάδες που όλο και περισσότερο αυξάνονταν ετύγχαναν κρατικής υποστήριξης, κατά καιρούς και κατά περίσταση, ενώ άλλες έδρασαν ανεξάρτητα από την κρατική κηδεμονία και έτυχαν υποστήριξης άλλων ισλαμιστικών ομάδων και κρατών, όπως π.χ. η Σαουδική Αραβία. Τα οργανωμένα κινήματα τζιχάντ που υπήρξαν στρατιωτικά ενεργά από τον πόλεμο κατά των Σοβιετικών στο Αφγανιστάν, θα μπορούσαν να κατηγοριοποιηθούν σε τρεις ομάδες. Η πρώτη από αυτές τις ομάδες δρα μέσα στα πλαίσια της οργάνωσης Jamaat-e-Islami (Ισλαμική Οργάνωση ή Εταιρία) που ιδρύθηκε από τον ισλαμιστή διανοούμενο Mauiana Abul Ala Maududi το 1941. Η δεύτερη ομάδα περιλαμβάνει τα κινήματα Deobandi που προέκυψαν από αυστηρές ερμηνείες του Ισλάμ από ομώνυμο μεντρεσέ[iii] της βόρειας Ινδίας, που ιδρύθηκε το 1867 με αποστολή την προστασία των μουσουλμάνων από τα θέλγητρα του Δυτικού υλισμού. Η τρίτη ομάδα μαχητών τζιχάντ της νότιας Ασίας είναι η ομάδα Wahhabi, που επηρεάστηκε από τη διδασκαλία του Muhammad ibn Abdul Wahhab και σχεδόν αποκλειστικά υποστηρίζεται οικονομικά από τη Σαουδική Αραβία.

Η Jamaat-e-Islami και τα παρακλάδια της

Η Jamaat-e-Islami είναι ένα ισλαμιστικό κόμμα παρόμοιο με την Αραβική Μουσουλμανική Αδελφότητα με την οποία έχει ιδεολογικές και οργανωσιακές διασυνδέσεις. Λειτούργησε για δεκαετίες ως ένα πολιτικό κόμμα, οργάνωση κοινωνικής πρόνοιας, παν-ισλαμικό δίκτυο και υποστηρικτής μαχητικών ομάδων που ενεργούν στο Αφγανιστάν και το Κασμίρ. Υποστηρίχθηκε οικονομικά από τη Σαουδική Αραβία αν και διαταράχθηκαν οι σχέσεις τους για ένα ορισμένο διάστημα κατά τη διάρκεια του Πολέμου του Κόλπου το 1991, κάτι που έστρεψε τη Σαουδική Αραβία στην υποστήριξη των δυο άλλων ομάδων, των ομάδων Deobandi και Wahhabi για μια περίοδο, και που έβλαψε τη θέση που η οργάνωση κατείχε ως κυρίαρχη ισλαμιστική ομάδα στη νότια Ασία. Ο ιδρυτής της Jamaat-e-Islami, Abul Ala Maududi (1903-1979), ήταν μια ένας πολυγραφότατος συγγραφέας. Τα συγγράμματα του εκθέτουν ένα εκτενές ιδεολογικό όραμα. Υποστήριξε ότι το Ισλάμ ήταν τόσο μια πολιτική ιδεολογία, καθώς και μια θρησκεία και ότι η βασική διαίρεση του κόσμου είναι μεταξύ «Ισλάμ και μη-Ισλάμ». Ο Maududi ασκεί κριτική σε όλες τις μη-ισλαμικές ιδεολογίες, συμπεριλαμβανομένων των σοσιαλισμού, κομμουνισμού, κοσμικού κράτους και καπιταλισμού. Περιέγραψε το πολιτικό σύστημα του Ισλάμ ως «θεό-δημοκρατία» - ένα σύστημα στο οποίο οι αξιωματούχοι θα εκλέγονται μεν αλλά θα υπόκεινται σε θεϊκούς νόμους -. Η ισλαμική ιδεολογία, σύμφωνα με τον Maududi, εκφράζει την αποστολή των προφητών, την οποία περιέγραψε ως εξής:

• Να φέρει επανάσταση στις πνευματικές και ψυχικές προοπτικές της ανθρωπότητας και να ενσταλάξει την Ισλαμική στάση απέναντι στη ζωή και την ηθική σε τέτοιο βαθμό ώστε ο τρόπος σκέψης, τα ιδανικό της ζωής, και τα πρότυπα των αξιών και της συμπεριφοράς γίνουν ισλαμικά.
• Να οργανώσει τους ανθρώπους οι οποίοι έχουν αποδεχθεί τα ισλαμικά ιδανικά να μορφοποιήσουν τη ζωή τους σύμφωνα με τα ισλαμικά πρότυπα με σκοπό να αγωνιστούν για την εξουσία και να την καταλάβουν με τη χρήση όλων των διαθέσιμων μέσων και εξοπλισμών.

Ο Maududi καθορίζει επίσης μια σταδιακή στρατηγική για την ισλαμική επανάσταση σε πολλές ομιλίες και γραπτά του. Το πρώτο σημαντικό βιβλίο του, Al-Jihad fil-Islam (Τζιχάντ στο Ισλάμ), καθόρισε τους διάφορους τρόπους και τα μέσα του αγώνα για τo τέλειο Ισλαμικό κράτος. Σε άλλα βιβλία, ο Maududi περιέγραψε τις κοινωνικές,

οικονομικές και πολιτικές αρχές του Ισλάμ.

Η Jamaat-e-Islami πρεσβεύει ότι η πραγματική ευκαιρία του Πακιστάν έγκειται στη συνεργασία με την ελίτ του νέου κράτους, επεκτείνοντας σταδιακά την ισλαμική ατζέντα, παρέχοντας παράλληλα το θεολογικό σκεπτικό για τα σχέδια της πακιστανικής ελίτ για την οικοδόμηση του έθνους με βάση τη θρησκεία. Στελέχη της Jamaat-e-Islami κινούνται μεταξύ των φοιτητών, των συνδικάτων και επαγγελματικών οργανώσεων, κάτι που την κατέστησε φυσικό σύμμαχο για όσους εντός της κυβέρνησης πιστεύουν ότι για την επιβίωση του Πακιστάν ως κράτους απαιτείται μια θρησκευτική άγκυρα.

Η πρώτη ανάμιξη της Jamaat-e-Islami στη στρατιωτική τζιχάντ έγινε το 1971, όταν στελέχη της πλαισίωσαν το στρατό του Πακιστάν σε αντίθεση προς την ανεξαρτησία του Μπαγκλαντές. Μέλη της Jamaat-e-Islami στο Μπαγκλαντές ήταν οργανωμένα σε δύο ομάδες μαχητών, Al-Badr και Al-Shams, που είχαν εκπαιδευτεί από τον πακιστανικό στρατό να προβούν σε επιχειρήσεις εναντίον των εθνικιστών του Μπανγκλαντές που επεδίωκαν την απόσχιση από το Πακιστάν. Κατά τα πρώτα χρόνια μετά την ανεξαρτησία του Μπαγκλαντές, ο ρόλος της Jamaate-e-Islami λαμβάνει εμφανή πολιτικό ρόλο στο Μπαγκλαντές, αν και περιστασιακά κατηγορείται για χρήση βίας εναντίον πολιτικών αντιπάλων. Λειτουργεί μέσα στο πολιτικό σύστημα της χώρας και φαίνεται να έχει επιλέξει την άμεση συμμετοχή του σε στρατιωτικές τζιχάντ. Άλλες ομάδες ισλαμιστών του Μπαγκλαντές αποτελούν παρακλάδια της Jamaat-e-Islami και φέρεται να έχουν αναπτύξει δεσμούς με παγκόσμια τρομοκρατικά δίκτυα, όπως η αλ-Κάιντα.

Η συνεργασία με το στρατό του Πακιστάν, σε αυτό που αποδείχθηκε ότι ήταν μια χαμένη μάχη στο τότε ανατολικό Πακιστάν, που κατέληξε στην απόσχιση του Μπαγκλαντές, βοήθησε τη Jamaat-e-Islami να σφυρηλατήσει στενότερους δεσμούς με τον πακιστανικό στρατό και τις υπηρεσίες πληροφοριών. Οι συνδέσεις αυτές οδήγησαν σε στενή ταύτιση της οργάνωσης με το εξισλαμιστικό στρατιωτικό καθεστώς του στρατηγού Ziaul Haq (1977-1988). H Jamaat-e-Islami του Πακιστάν συμμετείχε άμεσα στην υποστήριξη της αφγανικής μουτζαχεντίν που λειτουργούσε έξω από το Πακιστάν και διατήρησε στενούς δεσμούς με το Hizbe Islami (Ισλαμικό Κόμμα) του Gulbeddin Hikmatyar και την Jamiat-e-Islami (Ισλαμική Κοινωνία) του Rabbani Burhanuddin. Και οι δύο αυτές Αφγανικές ομάδες τζιχάντ υιοθέτησαν τις ιδεολογικές επιταγές τις Jamaate-e-Islami του Πακιστάν, η οποία επηρέασε την αντιδυτική τάση του Hikmatyar κατά τη διάρκεια και μετά τον αντί-σοβιετικό αγώνα.