Κατά την περίοδο του πολέμου κατά των Σοβιετικών, η Jamaat-e-Islami ήταν σε θέση να οικοδομήσει μια σημαντική υποδομή, συμπεριλαμβανομένων των μεντρεσέδων, επιχειρήσεων και φιλανθρωπικών οργανώσεων με τη βοήθεια της γενναιόδωρης χρηματοδοτικής συμμετοχής κυβερνήσεων και ιδιωτών από τα κράτη του Κόλπου. Η Jamaat-e-Islami φιλοξένησε πολλούς ξένους, κυρίως άραβες μουτζαχεντίν, που ήρθαν στο Πακιστάν να συμμετάσχουν σε τζιχάντ στο Αφγανιστάν. Στελέχη της Jamaat-e-Islami έλαβαν επίσης εκπαίδευση από τον πακιστανικό στρατό

μαζί με ξένους και Αφγανούς μαχητές και αρκετούς νέους από το Πακιστάν που πολέμησαν τους Σοβιετικούς στο εσωτερικό του Αφγανιστάν. Μέχρι την ώρα της Σοβιετικής απόσυρσης, η Jamaat-e-Islami είχε αναπτύξει δεσμούς με ισλαμιστικές ομάδες σε ολόκληρο τον κόσμο. Ισλαμικά κινήματα απελευθέρωσης που επιζητούσαν την επανόρθωση υποτιθέμενων ή και πραγματικών παραπόνων σε χώρους μακριά από το Πακιστάν, όπως η Τσετσενία, Βοσνία και νότιες Φιλιππίνες συγκεντρώθηκαν στο Πακιστάν. Η Jamaat-e-Islami άντλησε κεφάλαια για αυτές τις ομάδες και παρείχε στρατιωτική εκπαίδευση στα μέλη τους, πέραν της διάθεσης των δικών της μελών για συμμετοχή στο τζιχάντ παγκοσμίως.

Από το 1989, η Jamaat-e-Islami έχει συμμετάσχει ενεργά στις στρατιωτικές δραστηριότητες στην Τζαμού και Κασμίρ με την πλήρη υποστήριξη των Υπηρεσιών Πληροφοριών (ISI) και τον στρατό του Πακιστάν. Για να διατηρηθεί η διάκριση μεταξύ της Jamaat-e-Islami, την ιδεολογικό-πολιτική ομάδα, και των μαχητικών ή τρομοκρατικών εξαρτήσεων της, δημιουργήθηκαν αρκετές ειδικές οργανώσεις τζιχάντ. Η πιο χαρακτηριστική από αυτές είναι η Hizbul Mujahideen (Το Κόμμα των Ιερών Πολεμιστών). Για χρόνια, η Hizbul Mujahideen απέφευγε την τρομοκρατική ετικέτα, φροντίζοντας ώστε οι στόχοι της στο Κασμίρ να μην μπορούν να χαρακτηρίζονται ως στρατιωτικοί. Δεν υπάρχει αμφιβολία, ωστόσο, ότι η Hizbul Μουτζαχεντίν διατηρεί την ικανότητα να επιτεθεί σε στόχους στο ινδικό Κασμίρ και η Jamaat-e-Islami διατηρεί άθικτες τις δυνάμεις της στην περιοχή αυτή.

Εκτός από τη συμμετοχή της στις συγκρούσεις στο Αφγανιστάν και το Κασμίρ,
Η Jamaat-e-Islami φαίνεται απρόθυμη να αναγνωρίσει οποιαδήποτε άμεση συμμετοχή σε τζιχαντικές δραστηριότητες, αλλά όπως η Μουσουλμανική Αδελφότητα στον αραβικό κόσμο, χρησιμεύει ως ιδεολογική έμπνευση πόλωσης μεταξύ μουσουλμάνων «Αληθινών πιστών» και «οπαδών του στρατοπέδου της Δύσης». Η Jamaat-e-Islami έχει δημιουργήσει ένα συνεκτικό ιδεολογικό ιστό για την παγκόσμια

ισλαμική αφύπνιση - αφύπνιση που περιλαμβάνει την υπεράσπιση του βίαιου τζιχάντ, αλλά χωρίς την σαφή ταύτιση της Jamaate-e-Islami με τον μαχητικό αγώνα.

Κορυφαίος ιδεολόγος της Jamaat-e-Islami, είναι ο καθηγητής Khurshid Ahmad που πρόσφατα δημοσίευσε μια συλλογή δοκιμίων στη γλώσσα Ούρντου, Amrika: Muslim Dunya ki Bey-Itminani (Αμερική και η αναταραχή στον μουσουλμανικό κόσμο). Σε αυτό το βιβλίο, ο Ahmad υποστηρίζει ότι οι Ηνωμένες Πολιτείες «ονειρεύονται μια παγκόσμια κυριαρχία για τον έλεγχο των πόρων των άλλων εθνών, θέλουν να διαμορφώσουν τον κόσμο σύμφωνα με τις ιδέες τους, και επιδιώκουν να επιβάλουν τις αξίες και την ιδεολογία τους σε άλλους με τη βία». Μόνο οι ισλαμιστές, υποστηρίζει, μπορούν να προσφέρουν μια πολιτική δύναμη ικανή να αντέξει την λεγόμενη Pax Americana.

Το εν λόγω βιβλίο του Ahmad αποτελείται από εννέα δοκίμια, τέσσερα γραμμένα πριν από την 11^η Σεπτεμβρίου και πέντε μετά τις τρομοκρατικές επιθέσεις στη Νέα Υόρκη και την Ουάσιγκτον. Στο βιβλίο, ενώ φαινομενικά καταδικάζει τις επιθέσεις, υποστηρίζει ότι οι δράστες παραμένουν άγνωστοι. "Μια ματιά στην ιστορία του Ισραήλ και το σιωνιστικό κίνημα,» προτείνει, «καταδεικνύει έμπρακτα την υποψία του

ρόλου της Μοσάντ σε τρομοκρατικές πράξεις».